Pierwszy kościół św. Stanisława Biskupa i Męczennika, drewniany, powstał w latach 1482-1493. Jego ufundowanie przypisuje się arcybiskupowi Zbigniewowi Oleśnickiemu. Drugi kościół w tym samym miejscu, p.w. św. Rocha został wybudowany w 1530 r. przez arcybiskupa Jana Łaskiego. Arcybiskup Stanisław Szembek nakazał w 1720 r. wybudować kościół p.w. św. Stanisława B.M. w stylu barokowym. Nad drzwiami wejściowymi znajduje się herb Stanisława Szembeka. Wewnątrz kościoła umieszczono trzy klasycystyczne ołtarze.

Pierwszym prepozytem kościoła był ks. Stanisław Skrzypski, a od 1728 r. funkcję tę pełnił ks. Szymon Żurawski. Zmarłych chowano w pobliżu kościoła od XVI w. Od 1800 r. prepozytem parafii był ks. Franciszek Lewandowski.

Obok kościoła znajduje się budynek dawnego szpitalika, zbudowany w 1867 r. Pochówki obok kościoła św. Stanisława B.M. zakończono w 1914 r., ponieważ w 1911 został założony cmentarz p.w. św. Józefa. Zarówno kościół i jak i przyległy cmentarz są wpisane do rejestru zabytków.

Parafia była erygowana w 1958 roku przez ks. kard. Prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego. Pierwszym proboszczem był ks. Julian Karasicki, który spoczywa na cmentarzu św. Józefa w Skierniewicach. Pierwszym kościołem parafialnym był kościół Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny, który od 1997 roku został przekazany diecezji polowej. Nasza parafia zyskała wtedy nasz obecny kościół.

Kościół do niedawna był kościołem filialnym parafii p.w. św. Jakuba w Skierniewicach. Od 1 stycznia 1997 r. dekretem ks. biskupa Alojzego Orszulika  jest kościołem parafialnym. Gruntownego remontu podjął się ks. proboszcz Franciszek Gutowski  i przywrócił budynki do obecnego stanu. Wówczas nasza świątynia stała się miejscem zgromadzenia wspólnoty parafialnej i zaczęła przeżywać swój renesans. Zostało wykonane osuszenie murów kościoła, zrobiona elewacja zewnętrzna i wewnętrzna, kościół i budynek przyległy zyskały instalację grzewczą. Teren wokół kościoła został wyłożony kostką, we wnętrzu ks. Franciszek odnowił złocenia ołtarza głównego. Została oddana w surowym stanie plebania i znacznie wyciągnięte mury kościoła, została zakupiona cegła na całość budowy. 

Parafia liczyła wtedy około 12 tysięcy wiernych i zaszła potrzeba pobudowania nowego miejsca zgromadzeń. W roku 1999 ks. Franciszek Gutowski rozpoczął tworzenie nowego ośrodka duszpasterskiego na osiedlu Zadębie. Od roku 2000 to dzieło stało się zadaniem obecnego proboszcza, ks. Grzegorza Gołębia wraz z prowadzeniem całości parafii św. Stanisława B.M. Cała wspólnota dokładała starań, aby Zadębie zyskało swój kościół, choć nie było to łatwe ponieważ decyzja o budowie tej świątyni wzbudzała wiele dyskusji. Już w roku 2002 stan budowy pozwalał na to, aby utworzyć tam samodzielny ośrodek z własnym duszpasterzem (od 1999 r były organizowane Msze Święte i inne nabożeństwa). 18 maja 2002 roku została erygowana przez ks. bp Alojzego Orszulika, ówczesnego ordynariusza diecezji łowickiej parafia Miłosierdzia Bożego.

Błogosławionym czasem dla naszego kościoła był Wielki Jubileusz roku 2000. Wtedy dekretem ś.p. ks. bp Alojzego Orszulika został zaliczony do świątyń jubileuszowych. Owocem tego wydarzenia były roczne obchody jubileuszowe. Wiele nabożeństw, odprawianych Mszy świętych, odbytych spowiedzi, przychodzących pielgrzymów, wypowiedzianych i niewypowiedzianych modlitw złożyły się na duchową historię tej świątyni. Szczytowym przeżyciem tamtego roku był „Jubileusz 2000 dla Skierniewic”. Ks. bp Józef Zawitkowski rozpoczynał go uroczystą procesją Bożego Ciała, która miała swój finał na Rynku Miejskim. Niezapomniane wydarzenie, czas rekolekcji dla całego miasta. Był to moment, gdy w jednym miejscu i w jednym wydarzeniu zebrały się wszystkie parafie skierniewickie. Znakiem tych przeżyć był postawiony na wyspie Zalewu Zadębie Krzyż jubileuszowy. To pod tym krzyżem biskup Zawitkowski 24 listopada 2000 roku dokonał uroczystego oddania naszego miasta w opiekę Pana Boga. Owocem tego czasu było sprowadzenie relikwii św. Stanisława B.M. z królewskiej katedry na Wawelu 4 maja 2002 roku i uroczysta intronizacja 8 maja tego samego roku. Ten dzień otworzył nowy rozdział w życiu naszej parafii. Biskup Alojzy Orszulik wydanym dekretem ustanowił Sanktuarium Świętego Stanisława B.M. w naszym kościele parafialnym.

W roku 2002 odbyły się misje parafialne prowadzone przez księży Oblatów Maryi Niepokalanej. Na zakończenie misji został postawiony krzyż misyjny obok kościoła. Przypomina on o czasie misji i otrzymanych łaskach. Te rekolekcje stanowiły przygotowanie do wspomnianego przyjęcia relikwii naszego patrona.